Yeditepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü 1999 yılında kurulmuştur. Enstitü müdürlüğünü 01.10.1999-01.11.2007 tarihleri arasında Prof. Dr. A. Mübin Soyman, 01.11.2007-31.10.2013 tarihleri arasında ise Prof. Dr. R. Selçuk Yılmaz yürütmüştür. 01.11.2013 tarihinden itibaren müdürlük görevini Prof. Dr. Bayram Yılmaz yapmaktadır. Kuruluşundan itibaren Diş Hekimliği Fakültesinin Bağdat Caddesi üzerindeki (Göztepe) binasında faaliyet gösteren Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2014 Mart ayında Yeditepe Üniversitesi’nin Kayışdağı Caddesi üzerindeki 26 Ağustos Yerleşimine taşınmıştır.
Tıp, Diş Hekimliği, Eczacılık ve Sağlık Bilimleri Fakültelerinden seçkin öğretim üyelerinin yer aldığı 30 adet Yüksek Lisans ve 17 adet Doktora programı kapsamında lisansüstü eğitim verilmektedir. Bu programlardan bugüne (02.02.2022) kadar 1293 yüksek lisans ve 271 doktora olmak üzere toplam 1564 mezun verilmiştir.
Mükemmel bir araştırma altyapısına sahip olan Yeditepe Üniversitesi, sağlık bilimleri alanında uluslararası standartlarda yüksek lisans ve doktora eğitimi fırsatı sunmaktadır. Mezunlarımız çok sayıda ülke ve kurumlarda lider araştırmacı olarak çalışmakta ve klinik hizmet vermektedir. Enstitümüze bağlı programlarda halen 829 doktora ve yüksek lisans öğrencisi eğitim ve araştırmalarına devam etmektedir. Bu bilim uzmanlığı ve doktora adaylarının yaklaşık % 29'unu 30 farklı ülkeden uluslararası öğrenciler oluşturmaktadır.