• TR
  • EN
Ders Kodu: 
PTX619
Ders Dönemi: 
Bahar
Ders Tipi: 
Seçmeli
Dersin Dili: 
İngilizce
Dersin Amacı: 
• In silico toksikolojideki temel terim ve kavramları kavrar, toksikolojide veri toplama ve işleme hakkında bilgi sahibi olur. • Toksisite tahmin araçlarını uygulamayı öğrenir. • Farmasötikler ve diğer bileşikler için toksisite tahmin ve sınıflandırma modelleri geliştirme yöntemlerini kavrar. • Hesaplamalı toksikoloji çalışmaları yapmak için gerekli becerileri edinir.
Dersin İçeriği: 
A) Teorik Bölüm

In silico toksikoloji kavramı, in silico toksikolojinin temel terimleri, moleküler tanımlayıcılar, benzerlik, verilerin grafiksel gösterimi, toksisite tahmin araçları, modelleme türleri, in silico toksikolojide yönetmelik ve rehberler, toksisite tahmin modeli uygulama ve geliştirme

B) Vaka çalışması

Bilimsel literatürden vaka çalışmaları in silico toksikoloji bakış açısıyla değerlendirilir

Dersin Öğretim Yöntemleri: 
1: Anlatım, 2: Soru-Cevap, 3: Tartışma, 4. Sunum. 5:Simülasyon, 6:Video, 7:Uygulamalar, 8: Vaka çözümlemeleri
Dersin Ölçme Yöntemleri: 
A: Yazılı sınav, B: Çoktan seçmeli (test), C: Boşluk doldurma, D: Doğru yanlış, E: Sözlü sınav, F: Portfolyo, G: Derse katılım, H: Ödev

Dikey Sekmeler

Dersin Öğrenme Çıktıları

Dersin Öğrenme Çıktıları Programın  öğrenme çıktıları Öğretim Yöntemleri Ölçme Yöntemleri
1. in silico toksikolojideki temel terim ve kavramları listeler 1,2,3,4 1,2,3,4,7,8 E,G,H
2. moleküler tanımlayıcıları listeler ve dönüştürme yöntemlerini bilir 1,2,3,4 1,2,3,4,5,7,8 E,G,H
3. moleküller arasındaki benzerliği kavrar ve ölçer 1,2,3,4 1,2,3,4,5,7,8 E,G,H
4. verilerin grafiksel gösterimini değerlendirir 1,2,3,4 1,2,3,4,7,8 E,G,H
5. yaygın olarak kullanılan toksisite tahmin araçlarını kullanır 1,2,3,4 1,2,3,4,5,7,8 E,G,H
6. modelleme türlerini ayırt eder 1,2,3,4 1,2,3,4,7,8 E,G,H
7. geliştirilmiş QSAR modellerine mevzuat kurallarını uygular 1,2,3,4 1,2,3,4,7,8 E,G,H
8. tahmin için hangi aracın uygulanacağını kavrar 1,2,3,4 1,2,3,4,7,8 E,G,H
9. bir toksisite tahmin modeli geliştirir ve uygular ve sonuçları yorumlar. 1,2,3,4 1,2,3,4,5,7,8 E,G,H

Dersin Akışı

Hafta Konular (Teorik) Ön Hazırlık
1 In silico toksikolojinin temel kavramları In silico toksikoloji ders notları ve terimler
2 Moleküler tanımlayıcılar, benzerlik, yapısal uyarılar, molekül çizim araçları ve veritabanı araması Web tabanlı ve bağımsız veri tabanları ve molekül çizim yazılımları
3 OECD QSAR Toolbox uygulamaları QSAR Toolbox yazılımı ve kullanım kılavuzu
4 Veri analizinde temel kavramlar - Regresyon ve sınıflandırma Veri işleme ve model geliştirme için yazılım ve web siteleri
5 Nicel yapı-aktivite ilişkileri Moleküler tanımlayıcı tanımlamı ve tanımlayıcı hesaplama programları
6 Kimyasalları gruplandırma ve çapraz okuma Literatürden ilgili makaleler ve çapraz okuma tabanlı yazılımlar
7 Advers sonuç yolakları AOP kavramları, literatürden ilgili makaleler ve AOP geliştirmeyi kolaylaştıran uygulamalar
8 Üç boyutlu modelleme-moleküler yerleştirme, bağlanma afinitesi tahmini ve homoloji modellemesi 3D modelleme ile ilgili kavramlar ve terminoloji
9 Potansiyel genotoksik safsızlıklar için ICH M7 kılavuzunda in silico yöntemlerin uygulanması ICH M7'de uygulanan in silico yöntemler
10 Toksisite tahmini için kural tabanlı ve istatistik tabanlı sistemler Kural tabanlı ve istatistik tabanlı model örnekleri
11 Literatür araştırmaları-I İlgili literatürden makaleler
12 Literatür araştırmaları-II İlgili literatürden makaleler
13 Uygulamalar-I Veritabanları, literatürden veriler, tahmin araçları
14 Uygulamalar-II Veritabanları, literatürden veriler, tahmin araçları

Kaynaklar

Ders Notu 1. Benfenati, E. (Ed.). (2016). In silico methods for predicting drug toxicity. Humana Press.
Diğer Kaynaklar
  1. In Silico Toksikoloji Ders Notları
  2. OECD Guidelines for the Validation of (Quantitative) Structure-Activity Relationships [(Q)SAR]  Models
  3. OECD (2017), Guidance on Grouping of Chemicals, Second Edition, OECD Series on Testing and Assessment, No. 194, OECD Publishing, Paris
  4. OECD Users' Handbook supplement to the Guidance Document for developing and assessing Adverse Outcome Pathways
  5. M7(R1) Assessment and Control of DNA Reactive (Mutagenic) Impurities in Pharmaceuticals To Limit Potential Carcinogenic Risk
  6. OECD QSAR Toolbox application manual

Materyal Paylaşımı

Dökümanlar Tüm ders notları ve bilimsel makaleler paylaşılır.
Ödevler Paylaşılır.
Sınavlar Paylaşılmaz

Değerlendirme Sistemi

YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARI SAYI KATKI YÜZDESİ
Vaka çalışması 3 100
Toplam   100
Finalin Başarıya Oranı   60
Yıl içinin Başarıya Oranı   40
Toplam   100

Dersin Program Çıktılarına Katkısı

No Program Öğrenme Çıktıları Katkı Düzeyi
1 2 3 4 5
1 In silico toksikolojinin temel kavramlarını anlayabilme, yorumlayabilme ve bu temel üzerine daha ileri in silico toksikolojik değerlendirmeler inşa edebilme yetkinliği.         X
2 Daha önceki ilgili akademik literatüre erişebilme, araştırabilme, filtreleyebilme, değerlendirebilme ve kendi yararına kullanabilme yetkinliği.

Disiplinlerarası literatür çalışmalarını takip edebilme ve farklı alanlardaki benzer problemler arasında analojiler kurabilme yetkinliği.

      X  
3 Soyut düşünme için gerekli becerileri geliştirme ve bu metodolojileri kullanarak kavramsallaştırma ve soyut modeller oluşturma yetkinliği.

Bu soyut modellerden kendi matematiksel modellerini oluşturma becerisi.

Eldeki problem için kendi benzersiz çözümlerini tasarlamak amacıyla matematiksel ve hesaplama araçlarını ve tekniklerini kullanma becerisi.

        X
4 Performans değerlendirmesi için test senaryoları tasarlama becerisi.

Çeşitli yöntemleri bilimsel olarak analiz etme ve değerlendirme becerisi.

        X
5 Toksikolojik çalışmaların sonuçlarını analiz edebilmek için istatistiksel yöntemler hakkında yeterli bilgiye sahip olmak.

Model geliştirme ve performans değerlendirmesi için veri analizi kullanma becerisine sahip olmak.

        X
6 Kimyasalların ve ürünlerin toksikolojik risk değerlendirmelerini ve güvenlik değerlendirmelerini yapabilme becerisi.         X
7 Projeleri kendi başına önerebilme, yürütüp tamamlayabilme, elde ettiği sonuçları bağımsız ve verimli bir şekilde değerlendirebilme.       X  

AKTS İş Yükü Tablosu

Etkinlik SAYISI Süresi
(Saat) 		Toplam
İş Yükü
(Saat)
Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 12x toplam ders saati) 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) 14 2 28
Vaka çalışması 3 2 6
Laboratuvar (Sınav haftası dahildir: 16x toplam uygulama saati)      
Laboratuvar ders dışı calışma süresi      
Lab. Ara sınav      
Lab. Final      
Ödev 2 3 6
Final 1 14 14
Toplam İş Yükü     96
Toplam İş Yükü / 25 (s)     3.84
Dersin AKTS Kredisi     7.5
  • EN

Yeditepe Üniversitesi Bilgi İşlem Koordinatörlüğü